如同17、18世纪的大多数启蒙思想家一样，休谟对宗教持一种理性而审慎的态度。如果说洛克、孟德斯鸠和伏尔泰等人主要从实践层面抨击教会腐败，呼吁宗教宽容，那么休谟则主要从理论层面对宗教加以反思。休谟基于人性分析的方法和怀疑论的哲学立场，探究宗教的起源，质疑宗教神迹、驳斥宗教论证，从而宣告了与天启神学相对应的自然宗教的垮台。

　　探究宗教的起源

　　休谟认为，最初的宗教观念产生于驱动人心的希望和恐惧，而非产生于人类对世界的理智静观。它往往是多神信仰而非一神信仰。在多神信仰中，人类将神祇设想为像自己的存在物，其信仰形式表现为寓意比拟和英雄崇拜。一神信仰通常起源于多神信仰，是人类思维逐渐抽象化、想象力逐渐膨大的产物。多神信仰和一神信仰交替盛衰，表现了人类在不同阶段的自然倾向和心理需求。

　　两相比较，多神信仰缺乏道德导向，内容芜杂而不择精粗，但能包容其他宗教信仰；一神信仰具有很强的道德教化功能，但易于引发强烈的宗教狂热、敌对和迫害。一神信仰比多神信仰在内容上包含更多的荒谬性，在实践中也会导致更大的腐败，即“最好的东西的腐败产生了最坏的东西”。在如此评判之后，休谟重新回到自己坚守的怀疑论原则：宗教是不可说明的奥秘，经过细致考察，我们能做的不过是对之持怀疑态度并悬搁判断。